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(一)概述:NGS測序在病原微生物檢測中的運用

? NGS技術在臨床上的運用逐漸趨于成熟,從早期的腫瘤基因檢測,到如今大熱的微生物病原核酸檢測,NGS技術以其快速、準確和高分辨率的特點,發揚著無可替代的作用。 ?

微生物在地球上無處不在,從陸地到陸地,從衣物到皮膚,甚至我們的身體外部。

繁衍、變異、自然選擇和生活妥協,是一切生物必需閱歷的。

由于生命的*要義,是生活。

為了生活,必需妥協,生物之間為了爭奪資源,以及生物與自然環境之間,都存在著妥協 ,在這個進程中,有些微生物可以與人類戰爭共處,甚至互利共生,而有的微生物則會使人患病,通常有細菌、真菌、病毒、支原體,以及衣原體,這些就是臨床上的病原微生物。

冠狀病毒表示圖

自然選擇需求閱歷漫長的進程,但是近年來環境污染,藥物濫用,加快了病原微生物的退化速度,耐藥菌,超級菌的出現,嚴重要挾著人類安康。

還有一些微生物,原本與人類沒有交集,原先只存在于自然界,而有人為了獵奇,食用野生植物,從而把這些植物身上攜帶的病毒帶到了人類社會,如本世紀初的非典病毒(Severe Acute Respiratory Syndromes, SARS)就是例子,這類新型病毒對公共衛生安康構成了龐大的應戰,一般人的貪心,給全世界的人們帶來了龐大的災難。

當安康遭到了要挾,對付細菌,人類發明了抗生素, 對付病毒,發明了抗病毒藥物,但要如何治療,*步是找出元兇,而這在臨床上往往存在困難。

傳統的血慣例,或許器官和組織的影像學目的可以判別感染的能夠性,但并不能作為確診的依據,比如血慣例只能通知你能否有細菌或病毒感染,但不能通知你是什么細菌或病毒,還需求進一步反省才干確診,以便有的放矢。

實驗室反省,如抗原檢測、核酸檢測、代謝產物檢測以及毒素檢測才是明白感染、指點治療和判別預后的重要手腕。

  • 細菌和真菌檢測。通常需求先停止分別培育,再結合生化反響停止鑒定,并進一步停止藥物敏理性實驗,這種形式是臨床微生物實驗室習用的經典形式,為臨床處置了很多關鍵效果,但是其周期長、陽性率低、通量高等弊端往往難以滿足臨床日益增長的需求。
  • 病毒、支原體、衣原體檢測。難以像細菌一樣停止分別培育,通常采用分子生物學方法如聚合酶鏈式反響(Polymerase Chain Reaction, PCR)測定核酸,靈敏快速,但只限于已知病原體的檢測,且檢測結果提供的信息相對有限,難以處置由變異帶來的醫學效果。

為了克制傳統方法的缺乏,下一代測序技術(Next-generation sequencing technology,NGS)在病原微生物檢測中的應用具有十分大的優勢,如:

  • 通量大,一次可檢測成百上千個物種,特別是未知的病原,測定其核酸序列是必不可少的手腕;
  • 直接測定病原微生物的核酸序列,能為臨床提供準確的診斷依據,如物種鑒定、分型以及耐藥突變等;
  • 更低的檢測限,即使病原微生物的豐度很低,也可以檢測到。

當然,NGS的缺陷也是有的:

  • 相關于PCR,時效性處于優勢;
  • 本錢較高,暫時不會完全取代現行的慣例鑒定手腕。

即使有缺乏,但NGS的技術優勢更為清楚,在疑問微生物,以及難以培育甚至無法分別培育的少見菌屬的鑒定,特別是新型病原微生物的爆發盛行監測方面,NGS快速、準確和高分辨率的特點,使其成為病毒鑒定的金規范,在盛行病學分型中發揚著重要作用。

新型冠狀病毒(Corona Virus Disease 2019, COVID-19)正暴虐全球,目前尚無疫苗和*藥,人們除了戴口罩,留意團體衛生以及添加社交距離外別無他法,面對洶涌的疫情,再一次提示人類,要放下自己是萬物之靈的高傲,由于微生物才是當之無愧的地球*,它們在這個星球上生活的歷史比人類更長,種類和數量也比人類要多得多。

佩戴口罩防病毒感染

我們不能,也不應該試圖消滅一切微生物。我們之間的關系,不只要對立,還有協作,但是當我們的安康遭到要挾時,也要勇于妥協。

物競天擇,適者生活,人類與微生物的協作與妥協,必將永遠停止下去。

發布于 2020-09-03 16:10

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