圍填海工程環(huán)境監(jiān)測程序主要包括兩個步驟：
第一步，建設(shè)期圍填海項(xiàng)目跟蹤監(jiān)測與評價(jià)，評價(jià)建設(shè)期的生態(tài)環(huán)境影響；
第二步，建成期圍填海項(xiàng)目監(jiān)測與評價(jià)，評價(jià)建成期對生態(tài)環(huán)境影響。具體見下圖。
 

圍填海工程環(huán)境監(jiān)測的目的是針對圍填海工程項(xiàng)目或區(qū)域圍填海規(guī)劃，通過對由于圍填海項(xiàng)目的建設(shè)和所在海域所有圍填海項(xiàng)目建成對海洋環(huán)境產(chǎn)生的影響的跟蹤監(jiān)測，重點(diǎn)了解和掌握海域內(nèi)圍填海項(xiàng)目在其建設(shè)期和建成期對周邊海域海洋水文動力、地形地貌與沖淤環(huán)境的影響，并評估其對水質(zhì)、沉積物和生態(tài)環(huán)境的影響，評價(jià)其影響范圍、影響程度及其存在的用海風(fēng)險(xiǎn)，為海域使用管理和海洋環(huán)境保護(hù)管理提出對策和建議。

圍填海工程環(huán)境監(jiān)測與評價(jià)報(bào)告書內(nèi)容應(yīng)包括：
1、 總則：監(jiān)測任務(wù)由來、項(xiàng)目性質(zhì)、目的與意義、監(jiān)測范圍、監(jiān)測內(nèi)容與重點(diǎn)、監(jiān)測標(biāo)準(zhǔn)依據(jù)、評價(jià)方法和標(biāo)準(zhǔn)；
2、 工程分析：工程概況、工程建設(shè)方案、海域使用確權(quán)情況、工程性質(zhì)、附屬工程布局；
3、 工程周邊海域環(huán)境概況：自然環(huán)境狀況和社會經(jīng)濟(jì)狀況；
4、 工程所在海域海洋功能區(qū)劃和海洋開發(fā)利用現(xiàn)狀；
5、 圍填海項(xiàng)目環(huán)境影響跟蹤監(jiān)測：監(jiān)測站位布設(shè)、監(jiān)測參數(shù)、監(jiān)測時(shí)間和頻率、分析方法、評價(jià)方法和評價(jià)標(biāo)準(zhǔn)、歷次監(jiān)測結(jié)果及綜合評價(jià)；
6、 綜合分析評價(jià)：評價(jià)項(xiàng)目建設(shè)期和建成期對海洋環(huán)境的影響等；
7、 對策與建議；
8、 跟蹤監(jiān)測文件：工程跟蹤監(jiān)測委托函、與工程有關(guān)的文件、提交的跟蹤監(jiān)測文件、監(jiān)測數(shù)據(jù)和報(bào)表、監(jiān)測人員上崗證、儀器鑒定證書、附件、附圖、附表等。

圍填海工程環(huán)境監(jiān)測，主要監(jiān)測圍填海項(xiàng)目建設(shè)期和建成期的海洋水文動力、地形地貌與沖淤環(huán)境、水質(zhì)、沉積物和生態(tài)環(huán)境狀況，從而了解和掌握圍填海項(xiàng)目在不同海域使用期內(nèi)對海洋環(huán)境的影響范圍和影響程度，保護(hù)海洋環(huán)境。

圍填海工程環(huán)境監(jiān)測的監(jiān)測項(xiàng)目，根據(jù)工程的規(guī)模、施工工藝、海域的自然環(huán)境特征、建設(shè)期排放的污染物種類等情況并結(jié)合工程環(huán)境影響評價(jià)報(bào)告中給出的監(jiān)測因子確定工程跟蹤監(jiān)測的重點(diǎn)項(xiàng)目。下述監(jiān)測項(xiàng)目可根據(jù)具體情況適當(dāng)增加或減少。
水文：潮流（流速、流向)、潮位等狀況；
海洋地形地貌與沖淤環(huán)境：海洋地形地貌、海岸線、海昧、灘涂、海岸等的變化狀況，蝕淤狀況、蝕淤速率、蝕淤變化特征等，海底沉積環(huán)境等狀況；
海水： pH、水溫、鹽度、水色、透明度、懸浮物、化學(xué)需氧量、營養(yǎng)鹽、石油類、重金屬（根據(jù)工程特點(diǎn)選做）等；
沉積物：有機(jī)碳、石油類、重金屬（根據(jù)工程特點(diǎn)選做）等；
生物生態(tài)：葉綠素a、浮游動物、浮游植物、底棲生物、潮間帶生物、游泳生物和珍稀瀕危物種生物個體密度、物種數(shù)、質(zhì)量等、定居貝類、甲殼類和魚類等生物中石油烴、重金屬的含量等；

以下是圍填海工程環(huán)境監(jiān)測工作執(zhí)行遵循的部分標(biāo)準(zhǔn)，僅供參考。
圍填海項(xiàng)目跟蹤監(jiān)測與評價(jià)技術(shù)導(dǎo)則（征求意見稿）
GB 3097海水水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)
GB 11607漁業(yè)水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)
GB 12763.1 海洋調(diào)查規(guī)范總則
GB 17108海洋功能區(qū)劃技術(shù)導(dǎo)則
GB 17378.1 海洋監(jiān)測規(guī)范第1部分:總則
HJ442近岸海域環(huán)境監(jiān)測規(guī)范
GB 18421 海洋生物質(zhì)量
GB 18668海洋沉積物質(zhì)量
GB/T 19485海洋工程環(huán)境影響評價(jià)技術(shù)導(dǎo)則
GB/T 29726海灣圍填海規(guī)劃環(huán)境影響評價(jià)技術(shù)導(dǎo)則
HY/T 084 海灣生態(tài)監(jiān)測技術(shù)規(guī)程
HY/T 085河口生態(tài)監(jiān)測技術(shù)規(guī)程
HY/T 086 陸源入海排污口及其鄰近海域生態(tài)環(huán)境評價(jià)指南
HY/T 087近岸海洋生態(tài)健康評價(jià)指南